کلیسای سنت استپانوس در سده نهم هجری قمری ساخته شده بود اما در اثر زلزله دچار آسیب های زیادی شد که در زمان صفویه این کلیسا مورد مرمت و باز سازی قرار گرفت. این کلیسا از مهم ترین و دومین کلیسای مهم ارامنه می باشد که مورد احترام تمامی مسیحیان و تمامی ادیان می باشد که در واقع به شاخه مسیحیان گریگوری که پیروان گریگور روشنگر که ساکنین ارمنستان می باشند تعلق دارد. در بعضی از روزهای سال هزاران ارمنی در این کلیسا جمع می شوند تا زیارت ، مراسم مناسک های خاص خود را به جا آورند.
این کلیسا در فضایی محصور از درختان و دره سر سبز واقع شده است که با حصاری سنگی محاصره شده است.در قرون ساسانی و قرن های اولیه اسلام برج بلند با هفت برج نگهبانی و پنج عدد پشتبند های سنگی شبیه به دژ مستحکم ساخته شده است. دروازه ی این مجموعه در وسط غربی از جنس چوب و آهن کوبی ساخته شده است که در طاق های جناقی و طرفین آن نقش برجسته ای از حضرت عیسی (ع) و حضرت مریم (ع) در پیشانی طاق نما ها به چشم می خورد.
به طور کلی این ساختمان دارای سه بخش اصلی و مشخص و همچنین قسمت های فرعی مختلفی شامل : 1. نماز خانه اصلی ، 2. اجاق دانیال ، 3. برج ناقوس
1. نماز خانه :
این نماز خانه در فضایی به ابعاد 16 در 21 متر ساخته شده است که در فضای ورودی آن تزئینات و منبت کاری های زیبا و همچنین در وسط قسمت غربی تعبیه شده است که آثار ارزشمندی از دوران قاجاریه و زمان عباس میرزا فرزند فحتعلی شاه نیز قرار دارد. در این قسمت شاهکار های حجاری را به وضوح در قسمت سر ستون ها ، طاق نما ها ، زنجیره های جوانب و تزئینات و مقرنس کاری در را خواهید دید. پوشش سقف گنبد به صورت هرمی سبک خیاری بر روی پلان شانزده پر ستاره ای شکل گرفته است که همچنین در داخل طاق نما های گنبد به صورت یکی در میان پنجره تعبیه شده است که به صورت هلالی شکل پیدا کرده اند و نقش برجسته حواریون روی آن انجام شده است.فضای داخلی این بنا به صورت صلیبا دارای ایوان ، محراب و نماز خانه تشکیل شده است ایوان این مسجد روی دو ستون و دو نیم ستون در زیر گنبد اصلی قرار گرفته است.این نماز خانه از آثار زمان قاجار به شمار می رود.
2. برج ناقوس :
این برج ب روی ایوان دو طبقه که متصل به دیوار جنوبی کلیسا می باشد با گنبد هرمی شکل و هشت ضلع بر روی هشت ستون استوانه ای با رنگ سنگ سرخ رنگ ساخته شده است.پیشانی طاق پای ستون تا پای طلق گنبد از نقش برجسته های مانند فرشته ، صلیب ، ستاره ، ترنج و گل هشت پر تزیئن شده است.در صحن این برج تعدادی قبر به چشم می خورد که متعلق به سرشناسان مسیح نیز می باشد.
3. اجاق دانیال :
تالاری متصل به دیوار قسمت شمالی کلیسا به عرض 6 متر و 20 متر طول می باشد که به سه قسمت مساوی تقسیم شده است که شامل :
1. اجاق دانیال که مربوط به قرن پنجم میلادی می باشد به واسطه یک دیوار از تالار جدا شده است.
2. تالار اجتماعاتی که در وسط بنا قرار گرفته است.
3. در قسمت انتهای و شرقی تالار محلی برای غسل تعمید که ب روی سکوی بلند به چشم می خورد
اخیرا مرمت برای مستحکم سازی بنا و آماده سازی کلیسای سنت استپانوس برای بازدید گردشگران تور داخلی توسط سازمان میراث فرهنگی آذربایجان شرقی صورت گرفته شده است. این بنا در سال 1341 در آثار ملی کشور به ثبت رسیده است.
