کلیسا سیونی در قسمت راست رودخانه کورا گرجستان قرار دارد که پادشاه واختانگ گرگاسالی در زمان حکومت خود در نیمه دوم قرن پنجم دستور ساخت این بنا را داد متاسفانه در طول تاریخ کلیسا سیونی بار ها تخریب و بازسازی گردید که در سال 1112 پادشاه دیود چهارم دستور ساخت مجدد بنا را داد. در سال 1226 گنبد کلیسا سیونی توسط شاه جلال الدین خوارزمشاه تخریب اما به سرعت زیادی باز سازی و تعمیر گردید. این داستان ها همچنان ادامه دار بود به طوری که در سال 1386 توسط تیمور لنگ با حمله به گرجستان کلیسا سیونی را تخریب کرد که بعد از مدتی توسط شاه الکساندر اول بازسازی گردید.در اوایل قرن هفدهم این کلیسا باز هم توسط حمله ایرانیان تخریب و بلافاصله توسط پادشاهان گرجستان بازسازی شد.در سال 1668 این کلیسا در اثر زلزله آسیب جدی و کاملا تخریب گردید که در سال 1795 توسط شاه واختانگ ششم کلیسا سیونی از نو بنا گردید.بار آخر این بنای تاریخی توسط پادشاه محمد خان قاجار تخریب و در قرن هفدهم این نمای بنا را با سنگ های تراشیده بین سال های 1980 الی 1983 تزئین کردند. همان طور که گفته شد این کلیسا بار های بار ها تخریب و بازسازی گردید که همان نشانه ی اهمیت بنا در گرجستان می باشد.
یکی از با ارزش ترین و همچنین مقدس ترین این بنا صلیب نینوی مقدس می باشد که در این کلیسا نگهداری و مردم گرجستان معتقدند که بنا کننده ی کلیسا در همین محل به خاک سپرده شده است